Pada 12 Ogos 2003 Mohd Anwar dilantik menjadi Panglima Tentera Laut dan dinaikkan ke pangkat Laksamana penuh. Laksamana Tan Sri Mohd Anwar mencipta sejarah apabila dilantik ke jawatan Panglima Angkatan Tentera pada 29 April 2005 menggantikan Jeneral Tan Sri Mohd Zahidi bin Haji Zainuddin. Beliau memecah tradisi memandangkan sebelumnya jawatan itu dimonopoli oleh pegawai-pegawai tertinggi Tentera Darat Malaysia. Perlantikan ini dilihat banyak pihak sebagai bersesuaian dengan perubahan keadaan semasa dan konsep rangka kerja Pasukan Angkatan Bersama yang ditubuhkan tahun sebelumnya. Ketika memegang teraju Angkatan Tentera Malaysia, beliau banyak menyentuh konsep kebersamaan ataupun jointness dalam operasi ATM melalui ucapan-ucapan beliau. Beliau juga meneruskan usaha-usaha memperkaya ilmu pengetahuan warga ATM melalui konsep K-Force yang dicetuskan oleh Jeneral Tan Sri Zahidi. Sebagai seorang panglima beliau sendiri memiliki ijazah Sarjana Sains EBM daripada Universiti Warwick.